保護柱的選擇和使用指南如下：

1. 根據分析柱的填料品牌選擇保護柱，要與分析柱保持一致，以保證選擇性一致。
2. 根據分析柱的規格選擇匹配的保護柱，填料粒徑與分析柱的粒徑相近，保護柱的內徑與分析柱的內徑相近。
3. 對于精細分離，保護柱本身的裝填柱效要足夠好，以降低峰擴散，提高分離度。
4. 對于精細分離或者小內徑色譜柱分離，保護柱的連接死體積要盡可能小。
5. 如果是用于UHPLC柱，還要考慮保護柱的耐壓能力。

在使用保護柱的過程中，需注意以下幾點：

1. 專柱專用，避免保護柱成為不同項目的交叉污染源。
2. 當峰的理論塔板數下降15%，或是柱壓上升15%，或是關鍵分離度下降15%時，應及時更換保護柱。
3. 不慎發生強污染時，可以將分析柱卸下，單獨沖洗保護柱，可以使污染物更快的從保護柱中流出。但不可以超聲保護柱。
4. 在連接保護柱時，要盡可能縮短連接管路，減少死體積，降低柱外展寬效應。
5. 如同一保護柱配不同的分析柱使用，每次使用前，保護柱需先清洗并用流動相平衡保護柱一段時間后，再接分析柱使用。